以前のSparkFunプロトシールドの記事にTさんよりSparkFunプロトシールドキットのLEDについての質問のコメントをいただいきましたが、役に立つ回答を書けなかったので再度調べてみました。
しかし、日本語で検索してもいい情報が無かったので英語（”sparkfun protoshield”）で検索しました。
そしたら、出てきた英語のページの中でリンクを貼られているページを見つけました。
Tutorial: SparkFun ProtoShield Assembly + Use
このページのLEDの部分を読むと、「LEDのレンズのつばの部分がマイナス側が平らになっていて、基板に書かれたD型のマークの平らな部分を合わせる」と解説されています。（つば部分は見てもわかりにくいですが、指で触るとすぐにわかります。）
だから私の最初の組み立て方でOKだったようです。
で、さらに下の方でLEDの光らせ方も説明されていました。
だから単純にボタンを押せば光るものでもないようです。
わざわざ検証ありがとうございます、それに詳しい作り方のリンクまで！
明日にでも早速シールド作ってみようと思います
本当にありがとうございました＾＾
早々にコメントいただきありがとうございます。
動作が確認できましたら、お知らせいただけるとありがたいです。
では、がんばってください！