以前は認識して使えてたので、Yosemiteにしたのが原因か？
ググったら「（Mavericksの時に）PICKit 3のボタンを押した状態でUSBに接続する」というのが見つかったので、試してみたけど変わらず。
MPLAB X IDEのダウンロードページを見たら最近アップデートがあったようなので、IDEとXC8コンパイラの最新版をインストールしなおすことにした。
古いIDEとコンパイラはフォルダーをリネームしてとっておいて、最新版を新規にインストールした。
新しいIDEの起動時に「古い設定があるけど、読み込むか？」とダイアログが出るけどNoを選択すべき。最初にYesを選択したら古いコンパイラの古いパスが設定されてしまった。
で、設定(~/Library/Application Support/mplab_ide)を削除してIDEを再起動したら新しいコンパイラのパスが設定された。
プロジェクトをOpenしてPICKit 3で電源をPICKit 3からターゲットの回路に5V供給するように設定して、ビルドして書き込みを行ったら無事に書き込めた。